显圣杨戬随身受重伤，被困在天瘟阵之中，但圣体之内涌动着不可侵犯的神威，手持三首神戟站在天瘟阵的中央位置，这时瘟尊大帝现身在天瘟阵，并且坐在天瘟宝座之上，向显圣杨戬道:“杨戬，以本尊所知，你并非凡体。你乃是天庭玉皇大帝的外甥，只因玉帝之妹瑶姬思凡下界，与殷商大将杨天佑结为夫妻，生下两男一女，你排行老二，之后被玉鼎真人收为座下弟子。要论起来本尊还是你杨戬的师叔祖呢，本尊与你师祖元始天尊本是同根，本尊乃是开天辟地的盘古大神之幼灵，幻化成形时苍穹将我命名为:上圣通天灵宝大天尊，位列三清之三位，后来元始、道德两位师兄将我唤为:灵宝师弟，只因天地初开之时，天地间划分出了正与邪两股势力。原本我与你师祖元始天尊同在正道修炼，只因本尊修炼道法之时走火入魔，竟修炼出恶毒的瘟道之法，不知如何将瘟道之法化解，这便引出了本尊的阴暗之灵，本尊经常与阴暗之灵做强烈的正邪之争，但每次都是阴暗之灵将本尊击倒，从此本尊便永久的坠入了妖魔之道。”
杨戬听完了瘟尊大帝对自己所说的，觉得瘟尊大帝不像是在蛊惑人心。杨戬必恭必敬的向瘟尊大帝道:“师叔祖在上，请受晚辈杨戬一拜！师叔祖，杨戬觉得你乃是因心中私欲太重所致，心欲重则生阴暗，清心欲则度众生。我师祖和师尊之所以能持之以恒的主持正道，就是彻底用道法将心中的私欲化解了，只要去掉心中的私欲，就可摆脱自己的阴暗之灵。”
杨戬话音刚落，就见天瘟宝座一分为二，分出的已经不再是天瘟宝座了，已经变为一朵洁白的云，而坐在洁白之云上的，身穿金色道袍，首顶五彩光环。整个一位仙风道骨、道法高深的灵宝天尊，灵宝天尊直升向天瘟阵顶部，一挥手就将天瘟阵破开了一道裂缝，将杨戬从那道裂缝中带出了天瘟阵。
灵宝天尊将杨戬带出天瘟阵，送回玉泉山金霞洞玉鼎真人之处，玉鼎真人见徒弟杨戬被瘟尊所伤，就带上徒弟杨戬来到火云洞面见三位远古大帝:伏羲、神农、轩辕，神农大帝对玉鼎道:“玉鼎真人，本尊知道你前来所因何事，只因灵宝天尊有所交待，让你的弟子杨戬一人留下，本尊才能将医治瘟疫之宝赐予他。”玉鼎向神农大帝道:“谨遵大帝之命，弟子玉鼎告退。”
神农大帝将杨戬一人留在火云洞，伏羲、神农、轩辕三位大帝将远古神功输入进杨戬的体内。将杨戬的伤治好之后，伏羲将原生太极图交于杨戬，并嘱咐杨戬让他将原生太极图交给姜子牙。神农将瘟宝瓶交于杨戬，并嘱咐杨戬让他将升麻宝瓶交给神农真人。轩辕将雷火轩辕鼎交于杨戬，并嘱咐杨戬让他将雷火轩辕鼎交给雷震子与火灵真人。并且都传授了法宝的运用之法，特意嘱咐使用完毕之后让姜子牙到火云洞将宝物奉还给三位远古大帝，杨戬出了火云洞就直奔西岐，将各样法宝交给了三位大帝指定的人。
转过头来看看瘟尊大帝在天瘟阵的情形，自灵宝天尊元神得道成仙之后，升至三十五重天的元灵宫，与元始天尊和道德天尊共同成为神上之神，这时瘟尊大帝的功力就消退减弱了许多。
原因是灵宝天尊的元神从肉体里出来，升到了三十五重天元灵宫，脱离了充满邪恶与内心私欲的肉身，成为了三界第三位远古正神:上圣通天灵宝大天尊。
其邪恶的肉身被少昊之恶灵封禅为:瘟尊大帝，没了元神的瘟尊大帝一样能使出瘟尊神功，只是威慑力与强度大大减退，为了恢复法力瘟尊大帝将战死的瘟灵、毒瘟龙、瘟灵蛇的元神都吸食了，从而又功力大增。
恢复法力的瘟尊大帝再一次将天瘟阵法增强了几千倍，这一次参与破除天瘟阵的又多加了一圣尊，这位圣尊就是元灵宫的灵宝天尊，因为灵宝天尊特别熟知天瘟阵的所有阵法，有这位圣尊的特助，就一定能破除天瘟阵。
杨戬从火云洞带回的治瘟法宝，神农大帝交给神农真人的瘟宝瓶，另外还有一个锦囊，神农真人打开锦囊，一道金光在空中浮现出法宝的使用方法和防止瘟症扩充的方法:“将此宝抛掷空中，待阵清过后瘟症必除。此清乃三清混元真气，普照大地之后，可去除一切瘟邪之症。防瘟之法乃:用餐前后行净手之礼，切勿前往众聚之处。”
神农真人将宝瓶抛掷空中，只见瓶中发出一道清光，这道清光铺满了整个乾坤大地，让大地重新燃起了生机勃勃的苍生景象，使乾坤运转的更加绚丽多彩，姜子牙率领各路神将前去攻破天瘟阵。
姜子牙率领杨戬、姬发、雷震子等十员守阵大将，来至在雷火阵，突然姜子牙口袋里的原生太极图冲向雷火阵的上方，与阵中的八卦图相结合，成为雷火阵的阵中法宝:太极八卦原力图。此图乃远古时期伏羲大帝所造，只因威力强大至极，伏羲大帝将此图一分为二，待到三界出现浩劫之时此图必然合二为一，拯救三界苍生于水火之中，此图若合二为一必然引起乾坤扭转，以致乾坤清朗大地复苏。雷火阵就是姜子牙为了拯救天下苍生所设，所以太极八卦原力图在雷火阵上方互为一体，形成了极为强大的雷火原生太极图，其威力可扭转乾坤，清除一切瘟邪之物，还乾坤大地一片繁荣景象。
雷震子与火灵真人将雷火轩辕鼎放入此阵的中心位置，雷火轩辕鼎与原生太极图在阵中形成一道冲天的矩形金色光柱，灵宝天尊突然从天而降，神威大震的站在金色光柱之太极图上方，姜子牙、杨戬等人立刻参拜灵宝天尊。姜子牙道:“姜尚参拜灵宝师叔，不知师叔前来，有何等要事，告知姜尚。”灵宝天尊道:“姜尚师侄不必多礼，本尊是受元始师兄所托，前来与众位共同破除天瘟阵，破除天瘟阵之后，还要继续讨伐殷商，讨伐殷商之后，姜尚师侄，你还要主持封神大会，完成你师父元始天尊交于你的使命，姜尚师侄切记。”姜子牙道:“谨遵师尊与师叔之命，姜尚一定不负厚望，完成伐商大业之后，建造封神台，主持天界封神大会。”灵宝天尊道:“姜尚、杨戬、姬发、雷震子等人，跟随本尊一起攻入天瘟阵。”灵宝天尊与姜子牙率领各路神将直接攻向天瘟阵，在天瘟阵之中，灵宝天尊与瘟尊大帝展开了正义与邪恶的战争。
灵宝天尊率先进入天瘟阵，与瘟尊大帝进行了几番言语交谈。灵宝天尊进入天瘟阵向瘟尊大帝道:“通天瘟神，原本你与本尊乃是同体，但谁料想，你竟然克服不了心中的私欲，将本尊也拖入了魔道之中，如今本尊已恍然大悟，升至三十五重天，真正成为道家上神:灵宝天尊，本尊劝你抛开所有内心私欲，回归正途修炼正道之法，遵循天道之法，终将修成正果。”
瘟尊大帝向灵宝天尊道:“灵宝天尊，恭喜你与本尊之体成功脱离，如今已成为道家上神，可否愿陪本尊下一盘生死之局，如果是你灵宝天尊取得胜利之局，本尊愿陪你回归正道。反之，你灵宝天尊可愿回归本尊的肉体之内否？”灵宝天尊微笑答道:“本尊愿奉陪到底！”双方话音刚落就见得天瘟阵之内乌烟弥漫。
灵宝天尊与瘟尊大帝正式展开了一场正邪之战，灵宝天尊手持通天玉剑，瘟尊大帝手持青锋刀，两人展开了正义与邪恶的殊死搏斗。只见灵宝天尊手持通天玉剑，轻轻一挥就发出一道金黄色的剑气之光，这道金色剑光横劈至瘟尊大帝，瘟尊大帝使出青锋刀用尽全力的挡住了玉剑的剑气金光。由于通天玉剑乃是阐教至宝，它发出的金色剑光威力强大，将瘟尊大帝震得口吐鲜血，若不是用青锋刀挡了这一下，瘟尊大帝的五脏六腑都会被剑光震碎，到那时就真的无天回力了。
瘟尊大帝被通天玉剑震得口吐鲜血，决定让灵宝天尊也尝尝青锋刀的威力，用尽全力挥动青锋刀，只见青锋刀发出一道青绿色的刀光，这道青绿色的刀光弯着向灵宝天尊劈过去，只见灵宝天尊用通天玉剑轻轻的划了一下，青锋刀之光就被金色玉剑神光震得烟消云散。这时瘟尊大帝再一次用尽浑身解数挥动青锋刀，但结果还是和上次一样，就这样瘟尊大帝与灵宝天尊战斗了九个回合，在第十个回合之中，灵宝天尊用尽全力挥掷通天玉剑，直接将金色剑光劈向天瘟宝座，从此瘟尊大帝的天瘟阵就被灵宝天尊的玉剑所彻底攻破。
天瘟阵被灵宝天尊使用通天玉剑彻底攻破之后，瘟尊大帝恼羞成怒，灵宝天尊见他已经完全被仇恨所侵蚀，就令姜子牙与杨戬将瘟尊大帝引至雷火阵，让姜子牙与杨戬这十位神兵灵将分别大战瘟尊大帝，灵宝天尊的意思是要将瘟尊大帝的瘟魔神功彻底废除。因为将瘟魔神功彻底废除掉之后，就不再存在邪恶的瘟尊大帝了，就会出现一位毫无缚鸡之力的普通人，然后由师兄道德天尊将这个普通人带回进行修炼，日后必有重任交付与他，姜子牙悟到灵宝师叔之意，就命姬发与雷震子前往与瘟尊大帝交战。
这时紫薇大帝之圣灵突然在姬发体内被唤醒，姬发手中突然呈现一件远古至宝，慧天神钺，姬发手持慧天神钺直劈向瘟尊大帝，慧天神钺乃是远古神兵，当慧天神钺劈向瘟尊大帝时，从神钺中发出一道紫金色乾坤之光，直劈得瘟尊大帝的瘟魔神功只减不增，瘟尊大帝被姬发的慧天神钺打得元气大伤。紧接着是雷震子手持风雷轩辕棍使用雷电之光，让瘟尊大帝尝尝风雷轩辕棍的雷击电打之苦，雷震子使用风雷轩辕棍直打得瘟尊大帝跪地求饶，只因瘟尊大帝的致命弱点就是害怕雷击与火烧，雷震子的雷击就已经让瘟尊大帝跪地求饶了，雷火阵中的最后一阵就是使用雷电之火将瘟尊大帝的魔功彻底摧毁，之后由天尊将其带回修炼。
瘟尊大帝躲过了姬发与雷震子这一关，但却又进入了另一关，此关的守将乃是杨戬与神农真人，首先前来应战的是显圣杨戬，左手持三首神戟、右手牵了一只神犬站在瘟尊大帝的面前，右手将哮天犬撒开，单手持三首神戟直接刺向瘟尊大帝。一道金色神光冲出刺进瘟尊之身，这道金光冲出瘟尊体内之时，带出一股浓黑色的雾体，这浓黑色的雾体就是瘟尊的阴暗能量，这股阴暗能量竟然被三首神戟发出的金光带出，可见得杨建的功力又提升了不少，竟然能将瘟尊的阴暗能量带出，瘟尊从此就少了这股阴暗能量。
但是还有他克制不住的内心私欲，还会提升他的战斗能力，可再怎么提升也回不到以前那样的阴暗力量了，瘟尊大帝的能量现如今全部都得靠内心私欲之力量去支撑了。从瘟尊大帝体内冲出的阴暗能量被神农真人收进了神农大帝的瘟宝瓶内，将这股阴暗的瘟魔能量用乾坤化解术给化解了，从此世间就不再有瘟尊大帝暗之能量了。
瘟尊大帝见自己的阴暗能量被神农真人收走了，就落荒而逃，却又逃进了四岳真人所看守之关，由于之前灵宝天尊有所交待，只要四岳真人将瘟尊大帝的内心私欲去除即可，所以等到瘟尊大帝来至此关之时，只需四岳真人联手将四样法宝化作开灵斧，将瘟尊大帝的善灵劈开即可。四岳真人等到瘟尊来到此关时，立即将各自的法宝抛掷空中，盘膝而坐聚精会神的念起道法之语，只见四样阐教至宝在空中缓慢的合并至一处，形成了一尊巨大无比的太极图，此时太极图又缓慢的形成了一尊宇清开灵斧。这尊宇清开灵斧就直接劈向瘟尊大帝，将瘟尊之灵劈成了两半，使瘟尊大帝的功力越来越弱，四岳真人看到瘟尊大帝功力减退，就将瘟尊直接震到最后一关。
火灵真人、雷震子与姜子牙、杨戬这四人在最后一关等着瘟尊大帝，杨戬这时手里所持的法宝就不再是三首神戟了，这时杨戬手持的是宝莲灯，只因灵宝天尊有所交待，杨戬不敢违抗师叔祖之令，就使用宝莲灯将瘟尊大帝打入雷火轩辕鼎。让雷震子与火灵真人用五雷法和三位真火，给雷火轩辕鼎添加雷与火之力，使瘟尊大帝在雷火玄远鼎内将私欲和邪恶彻底化解，最终雷火玄远鼎将瘟尊大帝内心深处的邪恶与私欲彻底化解得干干净净，最后灵宝天尊将其带回元灵宫，并重新赐名为:通天上圣，灵宝天尊特允通天与尊驾共同修炼。